Search Results - (Author, Cooperation:S. Neph)

An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints

S. Neph ; J. Vierstra ; A. B. Stergachis ; A. P. Reynolds ; E. Haugen ; B. Vernot ; R. E. Thurman ; S. John ; R. Sandstrom ; A. K. Johnson ; M. T. Maurano ; R. Humbert ; E. Rynes ; H. Wang ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; M. Diegel ; V. Roach ; D. Dunn ; J. Neri ; A. Schafer ; R. S. Hansen ; T. Kutyavin ; E. Giste ; M. Weaver ; T. Canfield ; P. Sabo ; M. Zhang ; G. Balasundaram ; R. Byron ; M. J. MacCoss ; J. M. Akey ; M. A. Bender ; M. Groudine ; R. Kaul ; J. A. Stamatoyannopoulos
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

Systematic localization of common disease-associated variation in regulatory DNA

M. T. Maurano ; R. Humbert ; E. Rynes ; R. E. Thurman ; E. Haugen ; H. Wang ; A. P. Reynolds ; R. Sandstrom ; H. Qu ; J. Brody ; A. Shafer ; F. Neri ; K. Lee ; T. Kutyavin ; S. Stehling-Sun ; A. K. Johnson ; T. K. Canfield ; E. Giste ; M. Diegel ; D. Bates ; R. S. Hansen ; S. Neph ; P. J. Sabo ; S. Heimfeld ; A. Raubitschek ; S. Ziegler ; C. Cotsapas ; N. Sotoodehnia ; I. Glass ; S. R. Sunyaev ; R. Kaul ; J. A. Stamatoyannopoulos
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2012

Conservation of trans-acting circuitry during mammalian regulatory evolution

A. B. Stergachis ; S. Neph ; R. Sandstrom ; E. Haugen ; A. P. Reynolds ; M. Zhang ; R. Byron ; T. Canfield ; S. Stelhing-Sun ; K. Lee ; R. E. Thurman ; S. Vong ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; E. Giste ; D. Dunn ; J. Vierstra ; R. S. Hansen ; A. K. Johnson ; P. J. Sabo ; M. S. Wilken ; T. A. Reh ; P. M. Treuting ; R. Kaul ; M. Groudine ; M. A. Bender ; E. Borenstein ; J. A. Stamatoyannopoulos
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

F. Yue ; Y. Cheng ; A. Breschi ; J. Vierstra ; W. Wu ; T. Ryba ; R. Sandstrom ; Z. Ma ; C. Davis ; B. D. Pope ; Y. Shen ; D. D. Pervouchine ; S. Djebali ; R. E. Thurman ; R. Kaul ; E. Rynes ; A. Kirilusha ; G. K. Marinov ; B. A. Williams ; D. Trout ; H. Amrhein ; K. Fisher-Aylor ; I. Antoshechkin ; G. DeSalvo ; L. H. See ; M. Fastuca ; J. Drenkow ; C. Zaleski ; A. Dobin ; P. Prieto ; J. Lagarde ; G. Bussotti ; A. Tanzer ; O. Denas ; K. Li ; M. A. Bender ; M. Zhang ; R. Byron ; M. T. Groudine ; D. McCleary ; L. Pham ; Z. Ye ; S. Kuan ; L. Edsall ; Y. C. Wu ; M. D. Rasmussen ; M. S. Bansal ; M. Kellis ; C. A. Keller ; C. S. Morrissey ; T. Mishra ; D. Jain ; N. Dogan ; R. S. Harris ; P. Cayting ; T. Kawli ; A. P. Boyle ; G. Euskirchen ; A. Kundaje ; S. Lin ; Y. Lin ; C. Jansen ; V. S. Malladi ; M. S. Cline ; D. T. Erickson ; V. M. Kirkup ; K. Learned ; C. A. Sloan ; K. R. Rosenbloom ; B. Lacerda de Sousa ; K. Beal ; M. Pignatelli ; P. Flicek ; J. Lian ; T. Kahveci ; D. Lee ; W. J. Kent ; M. Ramalho Santos ; J. Herrero ; C. Notredame ; A. Johnson ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; T. Canfield ; P. J. Sabo ; M. S. Wilken ; T. A. Reh ; E. Giste ; A. Shafer ; T. Kutyavin ; E. Haugen ; D. Dunn ; A. P. Reynolds ; S. Neph ; R. Humbert ; R. S. Hansen ; M. De Bruijn ; L. Selleri ; A. Rudensky ; S. Josefowicz ; R. Samstein ; E. E. Eichler ; S. H. Orkin ; D. Levasseur ; T. Papayannopoulou ; K. H. Chang ; A. Skoultchi ; S. Gosh ; C. Disteche ; P. Treuting ; Y. Wang ; M. J. Weiss ; G. A. Blobel ; X. Cao ; S. Zhong ; T. Wang ; P. J. Good ; R. F. Lowdon ; L. B. Adams ; X. Q. Zhou ; M. J. Pazin ; E. A. Feingold ; B. Wold ; J. Taylor ; A. Mortazavi ; S. M. Weissman ; J. A. Stamatoyannopoulos ; M. P. Snyder ; R. Guigo ; T. R. Gingeras ; D. M. Gilbert ; R. C. Hardison ; M. A. Beer ; B. Ren
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

The accessible chromatin landscape of the human genome

R. E. Thurman ; E. Rynes ; R. Humbert ; J. Vierstra ; M. T. Maurano ; E. Haugen ; N. C. Sheffield ; A. B. Stergachis ; H. Wang ; B. Vernot ; K. Garg ; S. John ; R. Sandstrom ; D. Bates ; L. Boatman ; T. K. Canfield ; M. Diegel ; D. Dunn ; A. K. Ebersol ; T. Frum ; E. Giste ; A. K. Johnson ; E. M. Johnson ; T. Kutyavin ; B. Lajoie ; B. K. Lee ; K. Lee ; D. London ; D. Lotakis ; S. Neph ; F. Neri ; E. D. Nguyen ; H. Qu ; A. P. Reynolds ; V. Roach ; A. Safi ; M. E. Sanchez ; A. Sanyal ; A. Shafer ; J. M. Simon ; L. Song ; S. Vong ; M. Weaver ; Y. Yan ; Z. Zhang ; B. Lenhard ; M. Tewari ; M. O. Dorschner ; R. S. Hansen ; P. A. Navas ; G. Stamatoyannopoulos ; V. R. Iyer ; J. D. Lieb ; S. R. Sunyaev ; J. M. Akey ; P. J. Sabo ; R. Kaul ; T. S. Furey ; J. Dekker ; G. E. Crawford ; J. A. Stamatoyannopoulos
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012