Search Results - (Author, Cooperation:P. Kheradpour)

Comparative analysis of regulatory information and circuits across distant species

A. P. Boyle ; C. L. Araya ; C. Brdlik ; P. Cayting ; C. Cheng ; Y. Cheng ; K. Gardner ; L. W. Hillier ; J. Janette ; L. Jiang ; D. Kasper ; T. Kawli ; P. Kheradpour ; A. Kundaje ; J. J. Li ; L. Ma ; W. Niu ; E. J. Rehm ; J. Rozowsky ; M. Slattery ; R. Spokony ; R. Terrell ; D. Vafeados ; D. Wang ; P. Weisdepp ; Y. C. Wu ; D. Xie ; K. K. Yan ; E. A. Feingold ; P. J. Good ; M. J. Pazin ; H. Huang ; P. J. Bickel ; S. E. Brenner ; V. Reinke ; R. H. Waterston ; M. Gerstein ; K. P. White ; M. Kellis ; M. Snyder
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

K. Lindblad-Toh ; M. Garber ; O. Zuk ; M. F. Lin ; B. J. Parker ; S. Washietl ; P. Kheradpour ; J. Ernst ; G. Jordan ; E. Mauceli ; L. D. Ward ; C. B. Lowe ; A. K. Holloway ; M. Clamp ; S. Gnerre ; J. Alfoldi ; K. Beal ; J. Chang ; H. Clawson ; J. Cuff ; F. Di Palma ; S. Fitzgerald ; P. Flicek ; M. Guttman ; M. J. Hubisz ; D. B. Jaffe ; I. Jungreis ; W. J. Kent ; D. Kostka ; M. Lara ; A. L. Martins ; T. Massingham ; I. Moltke ; B. J. Raney ; M. D. Rasmussen ; J. Robinson ; A. Stark ; A. J. Vilella ; J. Wen ; X. Xie ; M. C. Zody ; J. Baldwin ; T. Bloom ; C. W. Chin ; D. Heiman ; R. Nicol ; C. Nusbaum ; S. Young ; J. Wilkinson ; K. C. Worley ; C. L. Kovar ; D. M. Muzny ; R. A. Gibbs ; A. Cree ; H. H. Dihn ; G. Fowler ; S. Jhangiani ; V. Joshi ; S. Lee ; L. R. Lewis ; L. V. Nazareth ; G. Okwuonu ; J. Santibanez ; W. C. Warren ; E. R. Mardis ; G. M. Weinstock ; R. K. Wilson ; K. Delehaunty ; D. Dooling ; C. Fronik ; L. Fulton ; B. Fulton ; T. Graves ; P. Minx ; E. Sodergren ; E. Birney ; E. H. Margulies ; J. Herrero ; E. D. Green ; D. Haussler ; A. Siepel ; N. Goldman ; K. S. Pollard ; J. S. Pedersen ; E. S. Lander ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

Integrative analysis of 111 reference human epigenomes

A. Kundaje ; W. Meuleman ; J. Ernst ; M. Bilenky ; A. Yen ; A. Heravi-Moussavi ; P. Kheradpour ; Z. Zhang ; J. Wang ; M. J. Ziller ; V. Amin ; J. W. Whitaker ; M. D. Schultz ; L. D. Ward ; A. Sarkar ; G. Quon ; R. S. Sandstrom ; M. L. Eaton ; Y. C. Wu ; A. R. Pfenning ; X. Wang ; M. Claussnitzer ; Y. Liu ; C. Coarfa ; R. A. Harris ; N. Shoresh ; C. B. Epstein ; E. Gjoneska ; D. Leung ; W. Xie ; R. D. Hawkins ; R. Lister ; C. Hong ; P. Gascard ; A. J. Mungall ; R. Moore ; E. Chuah ; A. Tam ; T. K. Canfield ; R. S. Hansen ; R. Kaul ; P. J. Sabo ; M. S. Bansal ; A. Carles ; J. R. Dixon ; K. H. Farh ; S. Feizi ; R. Karlic ; A. R. Kim ; A. Kulkarni ; D. Li ; R. Lowdon ; G. Elliott ; T. R. Mercer ; S. J. Neph ; V. Onuchic ; P. Polak ; N. Rajagopal ; P. Ray ; R. C. Sallari ; K. T. Siebenthall ; N. A. Sinnott-Armstrong ; M. Stevens ; R. E. Thurman ; J. Wu ; B. Zhang ; X. Zhou ; A. E. Beaudet ; L. A. Boyer ; P. L. De Jager ; P. J. Farnham ; S. J. Fisher ; D. Haussler ; S. J. Jones ; W. Li ; M. A. Marra ; M. T. McManus ; S. Sunyaev ; J. A. Thomson ; T. D. Tlsty ; L. H. Tsai ; W. Wang ; R. A. Waterland ; M. Q. Zhang ; L. H. Chadwick ; B. E. Bernstein ; J. F. Costello ; J. R. Ecker ; M. Hirst ; A. Meissner ; A. Milosavljevic ; B. Ren ; J. A. Stamatoyannopoulos ; T. Wang ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

A cis-regulatory map of the Drosophila genome

N. Negre ; C. D. Brown ; L. Ma ; C. A. Bristow ; S. W. Miller ; U. Wagner ; P. Kheradpour ; M. L. Eaton ; P. Loriaux ; R. Sealfon ; Z. Li ; H. Ishii ; R. F. Spokony ; J. Chen ; L. Hwang ; C. Cheng ; R. P. Auburn ; M. B. Davis ; M. Domanus ; P. K. Shah ; C. A. Morrison ; J. Zieba ; S. Suchy ; L. Senderowicz ; A. Victorsen ; N. A. Bild ; A. J. Grundstad ; D. Hanley ; D. M. MacAlpine ; M. Mannervik ; K. Venken ; H. Bellen ; R. White ; M. Gerstein ; S. Russell ; R. L. Grossman ; B. Ren ; J. W. Posakony ; M. Kellis ; K. P. White
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

Mapping and analysis of chromatin state dynamics in nine human cell types

J. Ernst ; P. Kheradpour ; T. S. Mikkelsen ; N. Shoresh ; L. D. Ward ; C. B. Epstein ; X. Zhang ; L. Wang ; R. Issner ; M. Coyne ; M. Ku ; T. Durham ; M. Kellis ; B. E. Bernstein
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011