Search Results - (Author, Cooperation:P. Flicek)

Evolutionary biology: The handiwork of tinkering

P. Flicek
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2013

Transcriptional diversity during lineage commitment of human blood progenitors

L. Chen ; M. Kostadima ; J. H. Martens ; G. Canu ; S. P. Garcia ; E. Turro ; K. Downes ; I. C. Macaulay ; E. Bielczyk-Maczynska ; S. Coe ; S. Farrow ; P. Poudel ; F. Burden ; S. B. Jansen ; W. J. Astle ; A. Attwood ; T. Bariana ; B. de Bono ; A. Breschi ; J. C. Chambers ; F. A. Choudry ; L. Clarke ; P. Coupland ; M. van der Ent ; W. N. Erber ; J. H. Jansen ; R. Favier ; M. E. Fenech ; N. Foad ; K. Freson ; C. van Geet ; K. Gomez ; R. Guigo ; D. Hampshire ; A. M. Kelly ; H. H. Kerstens ; J. S. Kooner ; M. Laffan ; C. Lentaigne ; C. Labalette ; T. Martin ; S. Meacham ; A. Mumford ; S. Nurnberg ; E. Palumbo ; B. A. van der Reijden ; D. Richardson ; S. J. Sammut ; G. Slodkowicz ; A. U. Tamuri ; L. Vasquez ; K. Voss ; S. Watt ; S. Westbury ; P. Flicek ; R. Loos ; N. Goldman ; P. Bertone ; R. J. Read ; S. Richardson ; A. Cvejic ; N. Soranzo ; W. H. Ouwehand ; H. G. Stunnenberg ; M. Frontini ; A. Rendon
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2014

Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics

E. Khurana ; Y. Fu ; V. Colonna ; X. J. Mu ; H. M. Kang ; T. Lappalainen ; A. Sboner ; L. Lochovsky ; J. Chen ; A. Harmanci ; J. Das ; A. Abyzov ; S. Balasubramanian ; K. Beal ; D. Chakravarty ; D. Challis ; Y. Chen ; D. Clarke ; L. Clarke ; F. Cunningham ; U. S. Evani ; P. Flicek ; R. Fragoza ; E. Garrison ; R. Gibbs ; Z. H. Gumus ; J. Herrero ; N. Kitabayashi ; Y. Kong ; K. Lage ; V. Liluashvili ; S. M. Lipkin ; D. G. MacArthur ; G. Marth ; D. Muzny ; T. H. Pers ; G. R. Ritchie ; J. A. Rosenfeld ; C. Sisu ; X. Wei ; M. Wilson ; Y. Xue ; F. Yu ; E. T. Dermitzakis ; H. Yu ; M. A. Rubin ; C. Tyler-Smith ; M. Gerstein
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2013

The sheep genome illuminates biology of the rumen and lipid metabolism

Y. Jiang ; M. Xie ; W. Chen ; R. Talbot ; J. F. Maddox ; T. Faraut ; C. Wu ; D. M. Muzny ; Y. Li ; W. Zhang ; J. A. Stanton ; R. Brauning ; W. C. Barris ; T. Hourlier ; B. L. Aken ; S. M. Searle ; D. L. Adelson ; C. Bian ; G. R. Cam ; Y. Chen ; S. Cheng ; U. DeSilva ; K. Dixen ; Y. Dong ; G. Fan ; I. R. Franklin ; S. Fu ; P. Fuentes-Utrilla ; R. Guan ; M. A. Highland ; M. E. Holder ; G. Huang ; A. B. Ingham ; S. N. Jhangiani ; D. Kalra ; C. L. Kovar ; S. L. Lee ; W. Liu ; X. Liu ; C. Lu ; T. Lv ; T. Mathew ; S. McWilliam ; M. Menzies ; S. Pan ; D. Robelin ; B. Servin ; D. Townley ; W. Wang ; B. Wei ; S. N. White ; X. Yang ; C. Ye ; Y. Yue ; P. Zeng ; Q. Zhou ; J. B. Hansen ; K. Kristiansen ; R. A. Gibbs ; P. Flicek ; C. C. Warkup ; H. E. Jones ; V. H. Oddy ; F. W. Nicholas ; J. C. McEwan ; J. W. Kijas ; J. Wang ; K. C. Worley ; A. L. Archibald ; N. Cockett ; X. Xu ; B. P. Dalrymple
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2014

An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes

P. H. Sudmant ; T. Rausch ; E. J. Gardner ; R. E. Handsaker ; A. Abyzov ; J. Huddleston ; Y. Zhang ; K. Ye ; G. Jun ; M. Hsi-Yang Fritz ; M. K. Konkel ; A. Malhotra ; A. M. Stutz ; X. Shi ; F. Paolo Casale ; J. Chen ; F. Hormozdiari ; G. Dayama ; K. Chen ; M. Malig ; M. J. Chaisson ; K. Walter ; S. Meiers ; S. Kashin ; E. Garrison ; A. Auton ; H. Y. Lam ; X. Jasmine Mu ; C. Alkan ; D. Antaki ; T. Bae ; E. Cerveira ; P. Chines ; Z. Chong ; L. Clarke ; E. Dal ; L. Ding ; S. Emery ; X. Fan ; M. Gujral ; F. Kahveci ; J. M. Kidd ; Y. Kong ; E. W. Lameijer ; S. McCarthy ; P. Flicek ; R. A. Gibbs ; G. Marth ; C. E. Mason ; A. Menelaou ; D. M. Muzny ; B. J. Nelson ; A. Noor ; N. F. Parrish ; M. Pendleton ; A. Quitadamo ; B. Raeder ; E. E. Schadt ; M. Romanovitch ; A. Schlattl ; R. Sebra ; A. A. Shabalin ; A. Untergasser ; J. A. Walker ; M. Wang ; F. Yu ; C. Zhang ; J. Zhang ; X. Zheng-Bradley ; W. Zhou ; T. Zichner ; J. Sebat ; M. A. Batzer ; S. A. McCarroll ; R. E. Mills ; M. B. Gerstein ; A. Bashir ; O. Stegle ; S. E. Devine ; C. Lee ; E. E. Eichler ; J. O. Korbel
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Insights into hominid evolution from the gorilla genome sequence

A. Scally ; J. Y. Dutheil ; L. W. Hillier ; G. E. Jordan ; I. Goodhead ; J. Herrero ; A. Hobolth ; T. Lappalainen ; T. Mailund ; T. Marques-Bonet ; S. McCarthy ; S. H. Montgomery ; P. C. Schwalie ; Y. A. Tang ; M. C. Ward ; Y. Xue ; B. Yngvadottir ; C. Alkan ; L. N. Andersen ; Q. Ayub ; E. V. Ball ; K. Beal ; B. J. Bradley ; Y. Chen ; C. M. Clee ; S. Fitzgerald ; T. A. Graves ; Y. Gu ; P. Heath ; A. Heger ; E. Karakoc ; A. Kolb-Kokocinski ; G. K. Laird ; G. Lunter ; S. Meader ; M. Mort ; J. C. Mullikin ; K. Munch ; T. D. O'Connor ; A. D. Phillips ; J. Prado-Martinez ; A. S. Rogers ; S. Sajjadian ; D. Schmidt ; K. Shaw ; J. T. Simpson ; P. D. Stenson ; D. J. Turner ; L. Vigilant ; A. J. Vilella ; W. Whitener ; B. Zhu ; D. N. Cooper ; P. de Jong ; E. T. Dermitzakis ; E. E. Eichler ; P. Flicek ; N. Goldman ; N. I. Mundy ; Z. Ning ; D. T. Odom ; C. P. Ponting ; M. A. Quail ; O. A. Ryder ; S. M. Searle ; W. C. Warren ; R. K. Wilson ; M. H. Schierup ; J. Rogers ; C. Tyler-Smith ; R. Durbin
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

K. Lindblad-Toh ; M. Garber ; O. Zuk ; M. F. Lin ; B. J. Parker ; S. Washietl ; P. Kheradpour ; J. Ernst ; G. Jordan ; E. Mauceli ; L. D. Ward ; C. B. Lowe ; A. K. Holloway ; M. Clamp ; S. Gnerre ; J. Alfoldi ; K. Beal ; J. Chang ; H. Clawson ; J. Cuff ; F. Di Palma ; S. Fitzgerald ; P. Flicek ; M. Guttman ; M. J. Hubisz ; D. B. Jaffe ; I. Jungreis ; W. J. Kent ; D. Kostka ; M. Lara ; A. L. Martins ; T. Massingham ; I. Moltke ; B. J. Raney ; M. D. Rasmussen ; J. Robinson ; A. Stark ; A. J. Vilella ; J. Wen ; X. Xie ; M. C. Zody ; J. Baldwin ; T. Bloom ; C. W. Chin ; D. Heiman ; R. Nicol ; C. Nusbaum ; S. Young ; J. Wilkinson ; K. C. Worley ; C. L. Kovar ; D. M. Muzny ; R. A. Gibbs ; A. Cree ; H. H. Dihn ; G. Fowler ; S. Jhangiani ; V. Joshi ; S. Lee ; L. R. Lewis ; L. V. Nazareth ; G. Okwuonu ; J. Santibanez ; W. C. Warren ; E. R. Mardis ; G. M. Weinstock ; R. K. Wilson ; K. Delehaunty ; D. Dooling ; C. Fronik ; L. Fulton ; B. Fulton ; T. Graves ; P. Minx ; E. Sodergren ; E. Birney ; E. H. Margulies ; J. Herrero ; E. D. Green ; D. Haussler ; A. Siepel ; N. Goldman ; K. S. Pollard ; J. S. Pedersen ; E. S. Lander ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

Gibbon genome and the fast karyotype evolution of small apes

L. Carbone ; R. A. Harris ; S. Gnerre ; K. R. Veeramah ; B. Lorente-Galdos ; J. Huddleston ; T. J. Meyer ; J. Herrero ; C. Roos ; B. Aken ; F. Anaclerio ; N. Archidiacono ; C. Baker ; D. Barrell ; M. A. Batzer ; K. Beal ; A. Blancher ; C. L. Bohrson ; M. Brameier ; M. S. Campbell ; O. Capozzi ; C. Casola ; G. Chiatante ; A. Cree ; A. Damert ; P. J. de Jong ; L. Dumas ; M. Fernandez-Callejo ; P. Flicek ; N. V. Fuchs ; I. Gut ; M. Gut ; M. W. Hahn ; J. Hernandez-Rodriguez ; L. W. Hillier ; R. Hubley ; B. Ianc ; Z. Izsvak ; N. G. Jablonski ; L. M. Johnstone ; A. Karimpour-Fard ; M. K. Konkel ; D. Kostka ; N. H. Lazar ; S. L. Lee ; L. R. Lewis ; Y. Liu ; D. P. Locke ; S. Mallick ; F. L. Mendez ; M. Muffato ; L. V. Nazareth ; K. A. Nevonen ; M. O'Bleness ; C. Ochis ; D. T. Odom ; K. S. Pollard ; J. Quilez ; D. Reich ; M. Rocchi ; G. G. Schumann ; S. Searle ; J. M. Sikela ; G. Skollar ; A. Smit ; K. Sonmez ; B. ten Hallers ; E. Terhune ; G. W. Thomas ; B. Ullmer ; M. Ventura ; J. A. Walker ; J. D. Wall ; L. Walter ; M. C. Ward ; S. J. Wheelan ; C. W. Whelan ; S. White ; L. J. Wilhelm ; A. E. Woerner ; M. Yandell ; B. Zhu ; M. F. Hammer ; T. Marques-Bonet ; E. E. Eichler ; L. Fulton ; C. Fronick ; D. M. Muzny ; W. C. Warren ; K. C. Worley ; J. Rogers ; R. K. Wilson ; R. A. Gibbs
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

F. Yue ; Y. Cheng ; A. Breschi ; J. Vierstra ; W. Wu ; T. Ryba ; R. Sandstrom ; Z. Ma ; C. Davis ; B. D. Pope ; Y. Shen ; D. D. Pervouchine ; S. Djebali ; R. E. Thurman ; R. Kaul ; E. Rynes ; A. Kirilusha ; G. K. Marinov ; B. A. Williams ; D. Trout ; H. Amrhein ; K. Fisher-Aylor ; I. Antoshechkin ; G. DeSalvo ; L. H. See ; M. Fastuca ; J. Drenkow ; C. Zaleski ; A. Dobin ; P. Prieto ; J. Lagarde ; G. Bussotti ; A. Tanzer ; O. Denas ; K. Li ; M. A. Bender ; M. Zhang ; R. Byron ; M. T. Groudine ; D. McCleary ; L. Pham ; Z. Ye ; S. Kuan ; L. Edsall ; Y. C. Wu ; M. D. Rasmussen ; M. S. Bansal ; M. Kellis ; C. A. Keller ; C. S. Morrissey ; T. Mishra ; D. Jain ; N. Dogan ; R. S. Harris ; P. Cayting ; T. Kawli ; A. P. Boyle ; G. Euskirchen ; A. Kundaje ; S. Lin ; Y. Lin ; C. Jansen ; V. S. Malladi ; M. S. Cline ; D. T. Erickson ; V. M. Kirkup ; K. Learned ; C. A. Sloan ; K. R. Rosenbloom ; B. Lacerda de Sousa ; K. Beal ; M. Pignatelli ; P. Flicek ; J. Lian ; T. Kahveci ; D. Lee ; W. J. Kent ; M. Ramalho Santos ; J. Herrero ; C. Notredame ; A. Johnson ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; T. Canfield ; P. J. Sabo ; M. S. Wilken ; T. A. Reh ; E. Giste ; A. Shafer ; T. Kutyavin ; E. Haugen ; D. Dunn ; A. P. Reynolds ; S. Neph ; R. Humbert ; R. S. Hansen ; M. De Bruijn ; L. Selleri ; A. Rudensky ; S. Josefowicz ; R. Samstein ; E. E. Eichler ; S. H. Orkin ; D. Levasseur ; T. Papayannopoulou ; K. H. Chang ; A. Skoultchi ; S. Gosh ; C. Disteche ; P. Treuting ; Y. Wang ; M. J. Weiss ; G. A. Blobel ; X. Cao ; S. Zhong ; T. Wang ; P. J. Good ; R. F. Lowdon ; L. B. Adams ; X. Q. Zhou ; M. J. Pazin ; E. A. Feingold ; B. Wold ; J. Taylor ; A. Mortazavi ; S. M. Weissman ; J. A. Stamatoyannopoulos ; M. P. Snyder ; R. Guigo ; T. R. Gingeras ; D. M. Gilbert ; R. C. Hardison ; M. A. Beer ; B. Ren
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

D. P. Locke ; L. W. Hillier ; W. C. Warren ; K. C. Worley ; L. V. Nazareth ; D. M. Muzny ; S. P. Yang ; Z. Wang ; A. T. Chinwalla ; P. Minx ; M. Mitreva ; L. Cook ; K. D. Delehaunty ; C. Fronick ; H. Schmidt ; L. A. Fulton ; R. S. Fulton ; J. O. Nelson ; V. Magrini ; C. Pohl ; T. A. Graves ; C. Markovic ; A. Cree ; H. H. Dinh ; J. Hume ; C. L. Kovar ; G. R. Fowler ; G. Lunter ; S. Meader ; A. Heger ; C. P. Ponting ; T. Marques-Bonet ; C. Alkan ; L. Chen ; Z. Cheng ; J. M. Kidd ; E. E. Eichler ; S. White ; S. Searle ; A. J. Vilella ; Y. Chen ; P. Flicek ; J. Ma ; B. Raney ; B. Suh ; R. Burhans ; J. Herrero ; D. Haussler ; R. Faria ; O. Fernando ; F. Darre ; D. Farre ; E. Gazave ; M. Oliva ; A. Navarro ; R. Roberto ; O. Capozzi ; N. Archidiacono ; G. Della Valle ; S. Purgato ; M. Rocchi ; M. K. Konkel ; J. A. Walker ; B. Ullmer ; M. A. Batzer ; A. F. Smit ; R. Hubley ; C. Casola ; D. R. Schrider ; M. W. Hahn ; V. Quesada ; X. S. Puente ; G. R. Ordonez ; C. Lopez-Otin ; T. Vinar ; B. Brejova ; A. Ratan ; R. S. Harris ; W. Miller ; C. Kosiol ; H. A. Lawson ; V. Taliwal ; A. L. Martins ; A. Siepel ; A. Roychoudhury ; X. Ma ; J. Degenhardt ; C. D. Bustamante ; R. N. Gutenkunst ; T. Mailund ; J. Y. Dutheil ; A. Hobolth ; M. H. Schierup ; O. A. Ryder ; Y. Yoshinaga ; P. J. de Jong ; G. M. Weinstock ; J. Rogers ; E. R. Mardis ; R. A. Gibbs ; R. K. Wilson
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

Transcriptome and genome sequencing uncovers functional variation in humans

T. Lappalainen ; M. Sammeth ; M. R. Friedlander ; P. A. t Hoen ; J. Monlong ; M. A. Rivas ; M. Gonzalez-Porta ; N. Kurbatova ; T. Griebel ; P. G. Ferreira ; M. Barann ; T. Wieland ; L. Greger ; M. van Iterson ; J. Almlof ; P. Ribeca ; I. Pulyakhina ; D. Esser ; T. Giger ; A. Tikhonov ; M. Sultan ; G. Bertier ; D. G. MacArthur ; M. Lek ; E. Lizano ; H. P. Buermans ; I. Padioleau ; T. Schwarzmayr ; O. Karlberg ; H. Ongen ; H. Kilpinen ; S. Beltran ; M. Gut ; K. Kahlem ; V. Amstislavskiy ; O. Stegle ; M. Pirinen ; S. B. Montgomery ; P. Donnelly ; M. I. McCarthy ; P. Flicek ; T. M. Strom ; H. Lehrach ; S. Schreiber ; R. Sudbrak ; A. Carracedo ; S. E. Antonarakis ; R. Hasler ; A. C. Syvanen ; G. J. van Ommen ; A. Brazma ; T. Meitinger ; P. Rosenstiel ; R. Guigo ; I. G. Gut ; X. Estivill ; E. T. Dermitzakis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2013