Search Results - (Author, Cooperation:J. A. Stamatoyannopoulos)

Systematic localization of common disease-associated variation in regulatory DNA

M. T. Maurano ; R. Humbert ; E. Rynes ; R. E. Thurman ; E. Haugen ; H. Wang ; A. P. Reynolds ; R. Sandstrom ; H. Qu ; J. Brody ; A. Shafer ; F. Neri ; K. Lee ; T. Kutyavin ; S. Stehling-Sun ; A. K. Johnson ; T. K. Canfield ; E. Giste ; M. Diegel ; D. Bates ; R. S. Hansen ; S. Neph ; P. J. Sabo ; S. Heimfeld ; A. Raubitschek ; S. Ziegler ; C. Cotsapas ; N. Sotoodehnia ; I. Glass ; S. R. Sunyaev ; R. Kaul ; J. A. Stamatoyannopoulos
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2012

An erythroid enhancer of BCL11A subject to genetic variation determines fetal hemoglobin level

D. E. Bauer ; S. C. Kamran ; S. Lessard ; J. Xu ; Y. Fujiwara ; C. Lin ; Z. Shao ; M. C. Canver ; E. C. Smith ; L. Pinello ; P. J. Sabo ; J. Vierstra ; R. A. Voit ; G. C. Yuan ; M. H. Porteus ; J. A. Stamatoyannopoulos ; G. Lettre ; S. H. Orkin
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2013

Exonic transcription factor binding directs codon choice and affects protein evolution

A. B. Stergachis ; E. Haugen ; A. Shafer ; W. Fu ; B. Vernot ; A. Reynolds ; A. Raubitschek ; S. Ziegler ; E. M. LeProust ; J. M. Akey ; J. A. Stamatoyannopoulos
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2013

Mouse regulatory DNA landscapes reveal global principles of cis-regulatory evolution

J. Vierstra ; E. Rynes ; R. Sandstrom ; M. Zhang ; T. Canfield ; R. S. Hansen ; S. Stehling-Sun ; P. J. Sabo ; R. Byron ; R. Humbert ; R. E. Thurman ; A. K. Johnson ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; E. Giste ; E. Haugen ; D. Dunn ; M. S. Wilken ; S. Josefowicz ; R. Samstein ; K. H. Chang ; E. E. Eichler ; M. De Bruijn ; T. A. Reh ; A. Skoultchi ; A. Rudensky ; S. H. Orkin ; T. Papayannopoulou ; P. M. Treuting ; L. Selleri ; R. Kaul ; M. Groudine ; M. A. Bender ; J. A. Stamatoyannopoulos
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2014

The accessible chromatin landscape of the human genome

R. E. Thurman ; E. Rynes ; R. Humbert ; J. Vierstra ; M. T. Maurano ; E. Haugen ; N. C. Sheffield ; A. B. Stergachis ; H. Wang ; B. Vernot ; K. Garg ; S. John ; R. Sandstrom ; D. Bates ; L. Boatman ; T. K. Canfield ; M. Diegel ; D. Dunn ; A. K. Ebersol ; T. Frum ; E. Giste ; A. K. Johnson ; E. M. Johnson ; T. Kutyavin ; B. Lajoie ; B. K. Lee ; K. Lee ; D. London ; D. Lotakis ; S. Neph ; F. Neri ; E. D. Nguyen ; H. Qu ; A. P. Reynolds ; V. Roach ; A. Safi ; M. E. Sanchez ; A. Sanyal ; A. Shafer ; J. M. Simon ; L. Song ; S. Vong ; M. Weaver ; Y. Yan ; Z. Zhang ; B. Lenhard ; M. Tewari ; M. O. Dorschner ; R. S. Hansen ; P. A. Navas ; G. Stamatoyannopoulos ; V. R. Iyer ; J. D. Lieb ; S. R. Sunyaev ; J. M. Akey ; P. J. Sabo ; R. Kaul ; T. S. Furey ; J. Dekker ; G. E. Crawford ; J. A. Stamatoyannopoulos
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints

S. Neph ; J. Vierstra ; A. B. Stergachis ; A. P. Reynolds ; E. Haugen ; B. Vernot ; R. E. Thurman ; S. John ; R. Sandstrom ; A. K. Johnson ; M. T. Maurano ; R. Humbert ; E. Rynes ; H. Wang ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; M. Diegel ; V. Roach ; D. Dunn ; J. Neri ; A. Schafer ; R. S. Hansen ; T. Kutyavin ; E. Giste ; M. Weaver ; T. Canfield ; P. Sabo ; M. Zhang ; G. Balasundaram ; R. Byron ; M. J. MacCoss ; J. M. Akey ; M. A. Bender ; M. Groudine ; R. Kaul ; J. A. Stamatoyannopoulos
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

Domains of genome-wide gene expression dysregulation in Down's syndrome

A. Letourneau ; F. A. Santoni ; X. Bonilla ; M. R. Sailani ; D. Gonzalez ; J. Kind ; C. Chevalier ; R. Thurman ; R. S. Sandstrom ; Y. Hibaoui ; M. Garieri ; K. Popadin ; E. Falconnet ; M. Gagnebin ; C. Gehrig ; A. Vannier ; M. Guipponi ; L. Farinelli ; D. Robyr ; E. Migliavacca ; C. Borel ; S. Deutsch ; A. Feki ; J. A. Stamatoyannopoulos ; Y. Herault ; B. van Steensel ; R. Guigo ; S. E. Antonarakis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

F. Yue ; Y. Cheng ; A. Breschi ; J. Vierstra ; W. Wu ; T. Ryba ; R. Sandstrom ; Z. Ma ; C. Davis ; B. D. Pope ; Y. Shen ; D. D. Pervouchine ; S. Djebali ; R. E. Thurman ; R. Kaul ; E. Rynes ; A. Kirilusha ; G. K. Marinov ; B. A. Williams ; D. Trout ; H. Amrhein ; K. Fisher-Aylor ; I. Antoshechkin ; G. DeSalvo ; L. H. See ; M. Fastuca ; J. Drenkow ; C. Zaleski ; A. Dobin ; P. Prieto ; J. Lagarde ; G. Bussotti ; A. Tanzer ; O. Denas ; K. Li ; M. A. Bender ; M. Zhang ; R. Byron ; M. T. Groudine ; D. McCleary ; L. Pham ; Z. Ye ; S. Kuan ; L. Edsall ; Y. C. Wu ; M. D. Rasmussen ; M. S. Bansal ; M. Kellis ; C. A. Keller ; C. S. Morrissey ; T. Mishra ; D. Jain ; N. Dogan ; R. S. Harris ; P. Cayting ; T. Kawli ; A. P. Boyle ; G. Euskirchen ; A. Kundaje ; S. Lin ; Y. Lin ; C. Jansen ; V. S. Malladi ; M. S. Cline ; D. T. Erickson ; V. M. Kirkup ; K. Learned ; C. A. Sloan ; K. R. Rosenbloom ; B. Lacerda de Sousa ; K. Beal ; M. Pignatelli ; P. Flicek ; J. Lian ; T. Kahveci ; D. Lee ; W. J. Kent ; M. Ramalho Santos ; J. Herrero ; C. Notredame ; A. Johnson ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; T. Canfield ; P. J. Sabo ; M. S. Wilken ; T. A. Reh ; E. Giste ; A. Shafer ; T. Kutyavin ; E. Haugen ; D. Dunn ; A. P. Reynolds ; S. Neph ; R. Humbert ; R. S. Hansen ; M. De Bruijn ; L. Selleri ; A. Rudensky ; S. Josefowicz ; R. Samstein ; E. E. Eichler ; S. H. Orkin ; D. Levasseur ; T. Papayannopoulou ; K. H. Chang ; A. Skoultchi ; S. Gosh ; C. Disteche ; P. Treuting ; Y. Wang ; M. J. Weiss ; G. A. Blobel ; X. Cao ; S. Zhong ; T. Wang ; P. J. Good ; R. F. Lowdon ; L. B. Adams ; X. Q. Zhou ; M. J. Pazin ; E. A. Feingold ; B. Wold ; J. Taylor ; A. Mortazavi ; S. M. Weissman ; J. A. Stamatoyannopoulos ; M. P. Snyder ; R. Guigo ; T. R. Gingeras ; D. M. Gilbert ; R. C. Hardison ; M. A. Beer ; B. Ren
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Resolving the complexity of the human genome using single-molecule sequencing

M. J. Chaisson ; J. Huddleston ; M. Y. Dennis ; P. H. Sudmant ; M. Malig ; F. Hormozdiari ; F. Antonacci ; U. Surti ; R. Sandstrom ; M. Boitano ; J. M. Landolin ; J. A. Stamatoyannopoulos ; M. W. Hunkapiller ; J. Korlach ; E. E. Eichler
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Conservation of trans-acting circuitry during mammalian regulatory evolution

A. B. Stergachis ; S. Neph ; R. Sandstrom ; E. Haugen ; A. P. Reynolds ; M. Zhang ; R. Byron ; T. Canfield ; S. Stelhing-Sun ; K. Lee ; R. E. Thurman ; S. Vong ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; E. Giste ; D. Dunn ; J. Vierstra ; R. S. Hansen ; A. K. Johnson ; P. J. Sabo ; M. S. Wilken ; T. A. Reh ; P. M. Treuting ; R. Kaul ; M. Groudine ; M. A. Bender ; E. Borenstein ; J. A. Stamatoyannopoulos
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Guidelines for investigating causality of sequence variants in human disease

D. G. MacArthur ; T. A. Manolio ; D. P. Dimmock ; H. L. Rehm ; J. Shendure ; G. R. Abecasis ; D. R. Adams ; R. B. Altman ; S. E. Antonarakis ; E. A. Ashley ; J. C. Barrett ; L. G. Biesecker ; D. F. Conrad ; G. M. Cooper ; N. J. Cox ; M. J. Daly ; M. B. Gerstein ; D. B. Goldstein ; J. N. Hirschhorn ; S. M. Leal ; L. A. Pennacchio ; J. A. Stamatoyannopoulos ; S. R. Sunyaev ; D. Valle ; B. F. Voight ; W. Winckler ; C. Gunter
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Topologically associating domains are stable units of replication-timing regulation

B. D. Pope ; T. Ryba ; V. Dileep ; F. Yue ; W. Wu ; O. Denas ; D. L. Vera ; Y. Wang ; R. S. Hansen ; T. K. Canfield ; R. E. Thurman ; Y. Cheng ; G. Gulsoy ; J. H. Dennis ; M. P. Snyder ; J. A. Stamatoyannopoulos ; J. Taylor ; R. C. Hardison ; T. Kahveci ; B. Ren ; D. M. Gilbert
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Cell-of-origin chromatin organization shapes the mutational landscape of cancer

P. Polak ; R. Karlic ; A. Koren ; R. Thurman ; R. Sandstrom ; M. S. Lawrence ; A. Reynolds ; E. Rynes ; K. Vlahovicek ; J. A. Stamatoyannopoulos ; S. R. Sunyaev
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Integrative analysis of 111 reference human epigenomes

A. Kundaje ; W. Meuleman ; J. Ernst ; M. Bilenky ; A. Yen ; A. Heravi-Moussavi ; P. Kheradpour ; Z. Zhang ; J. Wang ; M. J. Ziller ; V. Amin ; J. W. Whitaker ; M. D. Schultz ; L. D. Ward ; A. Sarkar ; G. Quon ; R. S. Sandstrom ; M. L. Eaton ; Y. C. Wu ; A. R. Pfenning ; X. Wang ; M. Claussnitzer ; Y. Liu ; C. Coarfa ; R. A. Harris ; N. Shoresh ; C. B. Epstein ; E. Gjoneska ; D. Leung ; W. Xie ; R. D. Hawkins ; R. Lister ; C. Hong ; P. Gascard ; A. J. Mungall ; R. Moore ; E. Chuah ; A. Tam ; T. K. Canfield ; R. S. Hansen ; R. Kaul ; P. J. Sabo ; M. S. Bansal ; A. Carles ; J. R. Dixon ; K. H. Farh ; S. Feizi ; R. Karlic ; A. R. Kim ; A. Kulkarni ; D. Li ; R. Lowdon ; G. Elliott ; T. R. Mercer ; S. J. Neph ; V. Onuchic ; P. Polak ; N. Rajagopal ; P. Ray ; R. C. Sallari ; K. T. Siebenthall ; N. A. Sinnott-Armstrong ; M. Stevens ; R. E. Thurman ; J. Wu ; B. Zhang ; X. Zhou ; A. E. Beaudet ; L. A. Boyer ; P. L. De Jager ; P. J. Farnham ; S. J. Fisher ; D. Haussler ; S. J. Jones ; W. Li ; M. A. Marra ; M. T. McManus ; S. Sunyaev ; J. A. Thomson ; T. D. Tlsty ; L. H. Tsai ; W. Wang ; R. A. Waterland ; M. Q. Zhang ; L. H. Chadwick ; B. E. Bernstein ; J. F. Costello ; J. R. Ecker ; M. Hirst ; A. Meissner ; A. Milosavljevic ; B. Ren ; J. A. Stamatoyannopoulos ; T. Wang ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Corrigendum: Domains of genome-wide gene expression dysregulation in Down's syndrome

A. Letourneau ; F. A. Santoni ; X. Bonilla ; M. R. Sailani ; D. Gonzalez ; J. Kind ; C. Chevalier ; R. Thurman ; R. S. Sandstrom ; Y. Hibaoui ; M. Garieri ; K. Popadin ; E. Falconnet ; M. Gagnebin ; C. Gehrig ; A. Vannier ; M. Guipponi ; L. Farinelli ; D. Robyr ; E. Migliavacca ; C. Borel ; S. Deutsch ; A. Feki ; J. A. Stamatoyannopoulos ; Y. Herault ; B. van Steensel ; R. Guigo ; S. E. Antonarakis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster

P. V. Kharchenko ; A. A. Alekseyenko ; Y. B. Schwartz ; A. Minoda ; N. C. Riddle ; J. Ernst ; P. J. Sabo ; E. Larschan ; A. A. Gorchakov ; T. Gu ; D. Linder-Basso ; A. Plachetka ; G. Shanower ; M. Y. Tolstorukov ; L. J. Luquette ; R. Xi ; Y. L. Jung ; R. W. Park ; E. P. Bishop ; T. K. Canfield ; R. Sandstrom ; R. E. Thurman ; D. M. MacAlpine ; J. A. Stamatoyannopoulos ; M. Kellis ; S. C. Elgin ; M. I. Kuroda ; V. Pirrotta ; G. H. Karpen ; P. J. Park
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2010