Search Results - (Author, Cooperation:D. M. Muzny)

Exome sequencing of head and neck squamous cell carcinoma reveals inactivating mutations in NOTCH1

N. Agrawal ; M. J. Frederick ; C. R. Pickering ; C. Bettegowda ; K. Chang ; R. J. Li ; C. Fakhry ; T. X. Xie ; J. Zhang ; J. Wang ; N. Zhang ; A. K. El-Naggar ; S. A. Jasser ; J. N. Weinstein ; L. Trevino ; J. A. Drummond ; D. M. Muzny ; Y. Wu ; L. D. Wood ; R. H. Hruban ; W. H. Westra ; W. M. Koch ; J. A. Califano ; R. A. Gibbs ; D. Sidransky ; B. Vogelstein ; V. E. Velculescu ; N. Papadopoulos ; D. A. Wheeler ; K. W. Kinzler ; J. N. Myers
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2011

Gibbon genome and the fast karyotype evolution of small apes

L. Carbone ; R. A. Harris ; S. Gnerre ; K. R. Veeramah ; B. Lorente-Galdos ; J. Huddleston ; T. J. Meyer ; J. Herrero ; C. Roos ; B. Aken ; F. Anaclerio ; N. Archidiacono ; C. Baker ; D. Barrell ; M. A. Batzer ; K. Beal ; A. Blancher ; C. L. Bohrson ; M. Brameier ; M. S. Campbell ; O. Capozzi ; C. Casola ; G. Chiatante ; A. Cree ; A. Damert ; P. J. de Jong ; L. Dumas ; M. Fernandez-Callejo ; P. Flicek ; N. V. Fuchs ; I. Gut ; M. Gut ; M. W. Hahn ; J. Hernandez-Rodriguez ; L. W. Hillier ; R. Hubley ; B. Ianc ; Z. Izsvak ; N. G. Jablonski ; L. M. Johnstone ; A. Karimpour-Fard ; M. K. Konkel ; D. Kostka ; N. H. Lazar ; S. L. Lee ; L. R. Lewis ; Y. Liu ; D. P. Locke ; S. Mallick ; F. L. Mendez ; M. Muffato ; L. V. Nazareth ; K. A. Nevonen ; M. O'Bleness ; C. Ochis ; D. T. Odom ; K. S. Pollard ; J. Quilez ; D. Reich ; M. Rocchi ; G. G. Schumann ; S. Searle ; J. M. Sikela ; G. Skollar ; A. Smit ; K. Sonmez ; B. ten Hallers ; E. Terhune ; G. W. Thomas ; B. Ullmer ; M. Ventura ; J. A. Walker ; J. D. Wall ; L. Walter ; M. C. Ward ; S. J. Wheelan ; C. W. Whelan ; S. White ; L. J. Wilhelm ; A. E. Woerner ; M. Yandell ; B. Zhu ; M. F. Hammer ; T. Marques-Bonet ; E. E. Eichler ; L. Fulton ; C. Fronick ; D. M. Muzny ; W. C. Warren ; K. C. Worley ; J. Rogers ; R. K. Wilson ; R. A. Gibbs
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes

P. H. Sudmant ; T. Rausch ; E. J. Gardner ; R. E. Handsaker ; A. Abyzov ; J. Huddleston ; Y. Zhang ; K. Ye ; G. Jun ; M. Hsi-Yang Fritz ; M. K. Konkel ; A. Malhotra ; A. M. Stutz ; X. Shi ; F. Paolo Casale ; J. Chen ; F. Hormozdiari ; G. Dayama ; K. Chen ; M. Malig ; M. J. Chaisson ; K. Walter ; S. Meiers ; S. Kashin ; E. Garrison ; A. Auton ; H. Y. Lam ; X. Jasmine Mu ; C. Alkan ; D. Antaki ; T. Bae ; E. Cerveira ; P. Chines ; Z. Chong ; L. Clarke ; E. Dal ; L. Ding ; S. Emery ; X. Fan ; M. Gujral ; F. Kahveci ; J. M. Kidd ; Y. Kong ; E. W. Lameijer ; S. McCarthy ; P. Flicek ; R. A. Gibbs ; G. Marth ; C. E. Mason ; A. Menelaou ; D. M. Muzny ; B. J. Nelson ; A. Noor ; N. F. Parrish ; M. Pendleton ; A. Quitadamo ; B. Raeder ; E. E. Schadt ; M. Romanovitch ; A. Schlattl ; R. Sebra ; A. A. Shabalin ; A. Untergasser ; J. A. Walker ; M. Wang ; F. Yu ; C. Zhang ; J. Zhang ; X. Zheng-Bradley ; W. Zhou ; T. Zichner ; J. Sebat ; M. A. Batzer ; S. A. McCarroll ; R. E. Mills ; M. B. Gerstein ; A. Bashir ; O. Stegle ; S. E. Devine ; C. Lee ; E. E. Eichler ; J. O. Korbel
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Pancreatic cancer genomes reveal aberrations in axon guidance pathway genes

A. V. Biankin ; N. Waddell ; K. S. Kassahn ; M. C. Gingras ; L. B. Muthuswamy ; A. L. Johns ; D. K. Miller ; P. J. Wilson ; A. M. Patch ; J. Wu ; D. K. Chang ; M. J. Cowley ; B. B. Gardiner ; S. Song ; I. Harliwong ; S. Idrisoglu ; C. Nourse ; E. Nourbakhsh ; S. Manning ; S. Wani ; M. Gongora ; M. Pajic ; C. J. Scarlett ; A. J. Gill ; A. V. Pinho ; I. Rooman ; M. Anderson ; O. Holmes ; C. Leonard ; D. Taylor ; S. Wood ; Q. Xu ; K. Nones ; J. L. Fink ; A. Christ ; T. Bruxner ; N. Cloonan ; G. Kolle ; F. Newell ; M. Pinese ; R. S. Mead ; J. L. Humphris ; W. Kaplan ; M. D. Jones ; E. K. Colvin ; A. M. Nagrial ; E. S. Humphrey ; A. Chou ; V. T. Chin ; L. A. Chantrill ; A. Mawson ; J. S. Samra ; J. G. Kench ; J. A. Lovell ; R. J. Daly ; N. D. Merrett ; C. Toon ; K. Epari ; N. Q. Nguyen ; A. Barbour ; N. Zeps ; N. Kakkar ; F. Zhao ; Y. Q. Wu ; M. Wang ; D. M. Muzny ; W. E. Fisher ; F. C. Brunicardi ; S. E. Hodges ; J. G. Reid ; J. Drummond ; K. Chang ; Y. Han ; L. R. Lewis ; H. Dinh ; C. J. Buhay ; T. Beck ; L. Timms ; M. Sam ; K. Begley ; A. Brown ; D. Pai ; A. Panchal ; N. Buchner ; R. De Borja ; R. E. Denroche ; C. K. Yung ; S. Serra ; N. Onetto ; D. Mukhopadhyay ; M. S. Tsao ; P. A. Shaw ; G. M. Petersen ; S. Gallinger ; R. H. Hruban ; A. Maitra ; C. A. Iacobuzio-Donahue ; R. D. Schulick ; C. L. Wolfgang ; R. A. Morgan ; R. T. Lawlor ; P. Capelli ; V. Corbo ; M. Scardoni ; G. Tortora ; M. A. Tempero ; K. M. Mann ; N. A. Jenkins ; P. A. Perez-Mancera ; D. J. Adams ; D. A. Largaespada ; L. F. Wessels ; A. G. Rust ; L. D. Stein ; D. A. Tuveson ; N. G. Copeland ; E. A. Musgrove ; A. Scarpa ; J. R. Eshleman ; T. J. Hudson ; R. L. Sutherland ; D. A. Wheeler ; J. V. Pearson ; J. D. McPherson ; R. A. Gibbs ; S. M. Grimmond
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

Mammalian Y chromosomes retain widely expressed dosage-sensitive regulators

D. W. Bellott ; J. F. Hughes ; H. Skaletsky ; L. G. Brown ; T. Pyntikova ; T. J. Cho ; N. Koutseva ; S. Zaghlul ; T. Graves ; S. Rock ; C. Kremitzki ; R. S. Fulton ; S. Dugan ; Y. Ding ; D. Morton ; Z. Khan ; L. Lewis ; C. Buhay ; Q. Wang ; J. Watt ; M. Holder ; S. Lee ; L. Nazareth ; J. Alfoldi ; S. Rozen ; D. M. Muzny ; W. C. Warren ; R. A. Gibbs ; R. K. Wilson ; D. C. Page
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

The sheep genome illuminates biology of the rumen and lipid metabolism

Y. Jiang ; M. Xie ; W. Chen ; R. Talbot ; J. F. Maddox ; T. Faraut ; C. Wu ; D. M. Muzny ; Y. Li ; W. Zhang ; J. A. Stanton ; R. Brauning ; W. C. Barris ; T. Hourlier ; B. L. Aken ; S. M. Searle ; D. L. Adelson ; C. Bian ; G. R. Cam ; Y. Chen ; S. Cheng ; U. DeSilva ; K. Dixen ; Y. Dong ; G. Fan ; I. R. Franklin ; S. Fu ; P. Fuentes-Utrilla ; R. Guan ; M. A. Highland ; M. E. Holder ; G. Huang ; A. B. Ingham ; S. N. Jhangiani ; D. Kalra ; C. L. Kovar ; S. L. Lee ; W. Liu ; X. Liu ; C. Lu ; T. Lv ; T. Mathew ; S. McWilliam ; M. Menzies ; S. Pan ; D. Robelin ; B. Servin ; D. Townley ; W. Wang ; B. Wei ; S. N. White ; X. Yang ; C. Ye ; Y. Yue ; P. Zeng ; Q. Zhou ; J. B. Hansen ; K. Kristiansen ; R. A. Gibbs ; P. Flicek ; C. C. Warkup ; H. E. Jones ; V. H. Oddy ; F. W. Nicholas ; J. C. McEwan ; J. W. Kijas ; J. Wang ; K. C. Worley ; A. L. Archibald ; N. Cockett ; X. Xu ; B. P. Dalrymple
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2014

Hemichordate genomes and deuterostome origins

O. Simakov ; T. Kawashima ; F. Marletaz ; J. Jenkins ; R. Koyanagi ; T. Mitros ; K. Hisata ; J. Bredeson ; E. Shoguchi ; F. Gyoja ; J. X. Yue ; Y. C. Chen ; R. M. Freeman, Jr. ; A. Sasaki ; T. Hikosaka-Katayama ; A. Sato ; M. Fujie ; K. W. Baughman ; J. Levine ; P. Gonzalez ; C. Cameron ; J. H. Fritzenwanker ; A. M. Pani ; H. Goto ; M. Kanda ; N. Arakaki ; S. Yamasaki ; J. Qu ; A. Cree ; Y. Ding ; H. H. Dinh ; S. Dugan ; M. Holder ; S. N. Jhangiani ; C. L. Kovar ; S. L. Lee ; L. R. Lewis ; D. Morton ; L. V. Nazareth ; G. Okwuonu ; J. Santibanez ; R. Chen ; S. Richards ; D. M. Muzny ; A. Gillis ; L. Peshkin ; M. Wu ; T. Humphreys ; Y. H. Su ; N. H. Putnam ; J. Schmutz ; A. Fujiyama ; J. K. Yu ; K. Tagawa ; K. C. Worley ; R. A. Gibbs ; M. W. Kirschner ; C. J. Lowe ; N. Satoh ; D. S. Rokhsar ; J. Gerhart
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

K. Lindblad-Toh ; M. Garber ; O. Zuk ; M. F. Lin ; B. J. Parker ; S. Washietl ; P. Kheradpour ; J. Ernst ; G. Jordan ; E. Mauceli ; L. D. Ward ; C. B. Lowe ; A. K. Holloway ; M. Clamp ; S. Gnerre ; J. Alfoldi ; K. Beal ; J. Chang ; H. Clawson ; J. Cuff ; F. Di Palma ; S. Fitzgerald ; P. Flicek ; M. Guttman ; M. J. Hubisz ; D. B. Jaffe ; I. Jungreis ; W. J. Kent ; D. Kostka ; M. Lara ; A. L. Martins ; T. Massingham ; I. Moltke ; B. J. Raney ; M. D. Rasmussen ; J. Robinson ; A. Stark ; A. J. Vilella ; J. Wen ; X. Xie ; M. C. Zody ; J. Baldwin ; T. Bloom ; C. W. Chin ; D. Heiman ; R. Nicol ; C. Nusbaum ; S. Young ; J. Wilkinson ; K. C. Worley ; C. L. Kovar ; D. M. Muzny ; R. A. Gibbs ; A. Cree ; H. H. Dihn ; G. Fowler ; S. Jhangiani ; V. Joshi ; S. Lee ; L. R. Lewis ; L. V. Nazareth ; G. Okwuonu ; J. Santibanez ; W. C. Warren ; E. R. Mardis ; G. M. Weinstock ; R. K. Wilson ; K. Delehaunty ; D. Dooling ; C. Fronik ; L. Fulton ; B. Fulton ; T. Graves ; P. Minx ; E. Sodergren ; E. Birney ; E. H. Margulies ; J. Herrero ; E. D. Green ; D. Haussler ; A. Siepel ; N. Goldman ; K. S. Pollard ; J. S. Pedersen ; E. S. Lander ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

Strict evolutionary conservation followed rapid gene loss on human and rhesus Y chromosomes

J. F. Hughes ; H. Skaletsky ; L. G. Brown ; T. Pyntikova ; T. Graves ; R. S. Fulton ; S. Dugan ; Y. Ding ; C. J. Buhay ; C. Kremitzki ; Q. Wang ; H. Shen ; M. Holder ; D. Villasana ; L. V. Nazareth ; A. Cree ; L. Courtney ; J. Veizer ; H. Kotkiewicz ; T. J. Cho ; N. Koutseva ; S. Rozen ; D. M. Muzny ; W. C. Warren ; R. A. Gibbs ; R. K. Wilson ; D. C. Page
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

D. P. Locke ; L. W. Hillier ; W. C. Warren ; K. C. Worley ; L. V. Nazareth ; D. M. Muzny ; S. P. Yang ; Z. Wang ; A. T. Chinwalla ; P. Minx ; M. Mitreva ; L. Cook ; K. D. Delehaunty ; C. Fronick ; H. Schmidt ; L. A. Fulton ; R. S. Fulton ; J. O. Nelson ; V. Magrini ; C. Pohl ; T. A. Graves ; C. Markovic ; A. Cree ; H. H. Dinh ; J. Hume ; C. L. Kovar ; G. R. Fowler ; G. Lunter ; S. Meader ; A. Heger ; C. P. Ponting ; T. Marques-Bonet ; C. Alkan ; L. Chen ; Z. Cheng ; J. M. Kidd ; E. E. Eichler ; S. White ; S. Searle ; A. J. Vilella ; Y. Chen ; P. Flicek ; J. Ma ; B. Raney ; B. Suh ; R. Burhans ; J. Herrero ; D. Haussler ; R. Faria ; O. Fernando ; F. Darre ; D. Farre ; E. Gazave ; M. Oliva ; A. Navarro ; R. Roberto ; O. Capozzi ; N. Archidiacono ; G. Della Valle ; S. Purgato ; M. Rocchi ; M. K. Konkel ; J. A. Walker ; B. Ullmer ; M. A. Batzer ; A. F. Smit ; R. Hubley ; C. Casola ; D. R. Schrider ; M. W. Hahn ; V. Quesada ; X. S. Puente ; G. R. Ordonez ; C. Lopez-Otin ; T. Vinar ; B. Brejova ; A. Ratan ; R. S. Harris ; W. Miller ; C. Kosiol ; H. A. Lawson ; V. Taliwal ; A. L. Martins ; A. Siepel ; A. Roychoudhury ; X. Ma ; J. Degenhardt ; C. D. Bustamante ; R. N. Gutenkunst ; T. Mailund ; J. Y. Dutheil ; A. Hobolth ; M. H. Schierup ; O. A. Ryder ; Y. Yoshinaga ; P. J. de Jong ; G. M. Weinstock ; J. Rogers ; E. R. Mardis ; R. A. Gibbs ; R. K. Wilson
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

The Drosophila melanogaster Genetic Reference Panel

T. F. Mackay ; S. Richards ; E. A. Stone ; A. Barbadilla ; J. F. Ayroles ; D. Zhu ; S. Casillas ; Y. Han ; M. M. Magwire ; J. M. Cridland ; M. F. Richardson ; R. R. Anholt ; M. Barron ; C. Bess ; K. P. Blankenburg ; M. A. Carbone ; D. Castellano ; L. Chaboub ; L. Duncan ; Z. Harris ; M. Javaid ; J. C. Jayaseelan ; S. N. Jhangiani ; K. W. Jordan ; F. Lara ; F. Lawrence ; S. L. Lee ; P. Librado ; R. S. Linheiro ; R. F. Lyman ; A. J. Mackey ; M. Munidasa ; D. M. Muzny ; L. Nazareth ; I. Newsham ; L. Perales ; L. L. Pu ; C. Qu ; M. Ramia ; J. G. Reid ; S. M. Rollmann ; J. Rozas ; N. Saada ; L. Turlapati ; K. C. Worley ; Y. Q. Wu ; A. Yamamoto ; Y. Zhu ; C. M. Bergman ; K. R. Thornton ; D. Mittelman ; R. A. Gibbs
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

Novel somatic and germline mutations in intracranial germ cell tumours

L. Wang ; S. Yamaguchi ; M. D. Burstein ; K. Terashima ; K. Chang ; H. K. Ng ; H. Nakamura ; Z. He ; H. Doddapaneni ; L. Lewis ; M. Wang ; T. Suzuki ; R. Nishikawa ; A. Natsume ; S. Terasaka ; R. Dauser ; W. Whitehead ; A. Adekunle ; J. Sun ; Y. Qiao ; G. Marth ; D. M. Muzny ; R. A. Gibbs ; S. M. Leal ; D. A. Wheeler ; C. C. Lau
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Syndromic congenital myelofibrosis associated with a loss-of-function variant in RBSN

Magoulas, P. L., Shchelochkov, O. A., Bainbridge, M. N., Ben-Shachar, S., Yatsenko, S., Potocki, L., Lewis, R. A., Searby, C., Marcogliese, A. N., Elghetany, M. T., Zapata, G., Hernandez, P. P., Gadkari, M., Einhaus, D., Muzny, D. M., Gibbs, R. A., Bertuch, A. A., Scott, D. A., Corvera, S., Franco, L. M.
American Society of Hematology (ASH)
Published 2018

Genetic and mechanistic diversity in pediatric hemophagocytic lymphohistiocytosis

Chinn, I. K., Eckstein, O. S., Peckham-Gregory, E. C., Goldberg, B. R., Forbes, L. R., Nicholas, S. K., Mace, E. M., Vogel, T. P., Abhyankar, H. A., Diaz, M. I., Heslop, H. E., Krance, R. A., Martinez, C. A., Nguyen, T. C., Bashir, D. A., Goldman, J. R., Stray-Pedersen, A., Pedroza, L. A., Poli, M. C., Aldave-Becerra, J. C., McGhee, S. A., Al-Herz, W., Chamdin, A., Coban-Akdemir, Z. H., Jhangiani, S. N., Muzny, D. M., Cao, T. N., Hong, D. N., Gibbs, R. A., Lupski, J. R., Orange, J. S., McClain, K. L., Allen, C. E.
American Society of Hematology (ASH)
Published 2018