Search Results - (Author, Cooperation:D. Haussler)

Three crocodilian genomes reveal ancestral patterns of evolution among archosaurs

R. E. Green ; E. L. Braun ; J. Armstrong ; D. Earl ; N. Nguyen ; G. Hickey ; M. W. Vandewege ; J. A. St John ; S. Capella-Gutierrez ; T. A. Castoe ; C. Kern ; M. K. Fujita ; J. C. Opazo ; J. Jurka ; K. K. Kojima ; J. Caballero ; R. M. Hubley ; A. F. Smit ; R. N. Platt ; C. A. Lavoie ; M. P. Ramakodi ; J. W. Finger, Jr. ; A. Suh ; S. R. Isberg ; L. Miles ; A. Y. Chong ; W. Jaratlerdsiri ; J. Gongora ; C. Moran ; A. Iriarte ; J. McCormack ; S. C. Burgess ; S. V. Edwards ; E. Lyons ; C. Williams ; M. Breen ; J. T. Howard ; C. R. Gresham ; D. G. Peterson ; J. Schmitz ; D. D. Pollock ; D. Haussler ; E. W. Triplett ; G. Zhang ; N. Irie ; E. D. Jarvis ; C. A. Brochu ; C. J. Schmidt ; F. M. McCarthy ; B. C. Faircloth ; F. G. Hoffmann ; T. C. Glenn ; T. Gabaldon ; B. Paten ; D. A. Ray
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2014

Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation

G. Zhang ; C. Li ; Q. Li ; B. Li ; D. M. Larkin ; C. Lee ; J. F. Storz ; A. Antunes ; M. J. Greenwold ; R. W. Meredith ; A. Odeen ; J. Cui ; Q. Zhou ; L. Xu ; H. Pan ; Z. Wang ; L. Jin ; P. Zhang ; H. Hu ; W. Yang ; J. Hu ; J. Xiao ; Z. Yang ; Y. Liu ; Q. Xie ; H. Yu ; J. Lian ; P. Wen ; F. Zhang ; H. Li ; Y. Zeng ; Z. Xiong ; S. Liu ; L. Zhou ; Z. Huang ; N. An ; J. Wang ; Q. Zheng ; Y. Xiong ; G. Wang ; B. Wang ; Y. Fan ; R. R. da Fonseca ; A. Alfaro-Nunez ; M. Schubert ; L. Orlando ; T. Mourier ; J. T. Howard ; G. Ganapathy ; A. Pfenning ; O. Whitney ; M. V. Rivas ; E. Hara ; J. Smith ; M. Farre ; J. Narayan ; G. Slavov ; M. N. Romanov ; R. Borges ; J. P. Machado ; I. Khan ; M. S. Springer ; J. Gatesy ; F. G. Hoffmann ; J. C. Opazo ; O. Hastad ; R. H. Sawyer ; H. Kim ; K. W. Kim ; H. J. Kim ; S. Cho ; N. Li ; Y. Huang ; M. W. Bruford ; X. Zhan ; A. Dixon ; M. F. Bertelsen ; E. Derryberry ; W. Warren ; R. K. Wilson ; S. Li ; D. A. Ray ; R. E. Green ; S. J. O'Brien ; D. Griffin ; W. E. Johnson ; D. Haussler ; O. A. Ryder ; E. Willerslev ; G. R. Graves ; P. Alstrom ; J. Fjeldsa ; D. P. Mindell ; S. V. Edwards ; E. L. Braun ; C. Rahbek ; D. W. Burt ; P. Houde ; Y. Zhang ; H. Yang ; E. D. Jarvis ; M. T. Gilbert
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2014

Integrating genomes

D. R. Zerbino ; B. Paten ; D. Haussler
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2012

Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds

E. D. Jarvis ; S. Mirarab ; A. J. Aberer ; B. Li ; P. Houde ; C. Li ; S. Y. Ho ; B. C. Faircloth ; B. Nabholz ; J. T. Howard ; A. Suh ; C. C. Weber ; R. R. da Fonseca ; J. Li ; F. Zhang ; H. Li ; L. Zhou ; N. Narula ; L. Liu ; G. Ganapathy ; B. Boussau ; M. S. Bayzid ; V. Zavidovych ; S. Subramanian ; T. Gabaldon ; S. Capella-Gutierrez ; J. Huerta-Cepas ; B. Rekepalli ; K. Munch ; M. Schierup ; B. Lindow ; W. C. Warren ; D. Ray ; R. E. Green ; M. W. Bruford ; X. Zhan ; A. Dixon ; S. Li ; N. Li ; Y. Huang ; E. P. Derryberry ; M. F. Bertelsen ; F. H. Sheldon ; R. T. Brumfield ; C. V. Mello ; P. V. Lovell ; M. Wirthlin ; M. P. Schneider ; F. Prosdocimi ; J. A. Samaniego ; A. M. Vargas Velazquez ; A. Alfaro-Nunez ; P. F. Campos ; B. Petersen ; T. Sicheritz-Ponten ; A. Pas ; T. Bailey ; P. Scofield ; M. Bunce ; D. M. Lambert ; Q. Zhou ; P. Perelman ; A. C. Driskell ; B. Shapiro ; Z. Xiong ; Y. Zeng ; S. Liu ; Z. Li ; B. Liu ; K. Wu ; J. Xiao ; X. Yinqi ; Q. Zheng ; Y. Zhang ; H. Yang ; J. Wang ; L. Smeds ; F. E. Rheindt ; M. Braun ; J. Fjeldsa ; L. Orlando ; F. K. Barker ; K. A. Jonsson ; W. Johnson ; K. P. Koepfli ; S. O'Brien ; D. Haussler ; O. A. Ryder ; C. Rahbek ; E. Willerslev ; G. R. Graves ; T. C. Glenn ; J. McCormack ; D. Burt ; H. Ellegren ; P. Alstrom ; S. V. Edwards ; A. Stamatakis ; D. P. Mindell ; J. Cracraft ; E. L. Braun ; T. Warnow ; W. Jun ; M. T. Gilbert ; G. Zhang
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2014

Long-read sequence assembly of the gorilla genome

D. Gordon ; J. Huddleston ; M. J. Chaisson ; C. M. Hill ; Z. N. Kronenberg ; K. M. Munson ; M. Malig ; A. Raja ; I. Fiddes ; L. W. Hillier ; C. Dunn ; C. Baker ; J. Armstrong ; M. Diekhans ; B. Paten ; J. Shendure ; R. K. Wilson ; D. Haussler ; C. S. Chin ; E. E. Eichler
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2016

Three periods of regulatory innovation during vertebrate evolution

C. B. Lowe ; M. Kellis ; A. Siepel ; B. J. Raney ; M. Clamp ; S. R. Salama ; D. M. Kingsley ; K. Lindblad-Toh ; D. Haussler
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2011

The genome of the green anole lizard and a comparative analysis with birds and mammals

J. Alfoldi ; F. Di Palma ; M. Grabherr ; C. Williams ; L. Kong ; E. Mauceli ; P. Russell ; C. B. Lowe ; R. E. Glor ; J. D. Jaffe ; D. A. Ray ; S. Boissinot ; A. M. Shedlock ; C. Botka ; T. A. Castoe ; J. K. Colbourne ; M. K. Fujita ; R. G. Moreno ; B. F. ten Hallers ; D. Haussler ; A. Heger ; D. Heiman ; D. E. Janes ; J. Johnson ; P. J. de Jong ; M. Y. Koriabine ; M. Lara ; P. A. Novick ; C. L. Organ ; S. E. Peach ; S. Poe ; D. D. Pollock ; K. de Queiroz ; T. Sanger ; S. Searle ; J. D. Smith ; Z. Smith ; R. Swofford ; J. Turner-Maier ; J. Wade ; S. Young ; A. Zadissa ; S. V. Edwards ; T. C. Glenn ; C. J. Schneider ; J. B. Losos ; E. S. Lander ; M. Breen ; C. P. Ponting ; K. Lindblad-Toh
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

K. Lindblad-Toh ; M. Garber ; O. Zuk ; M. F. Lin ; B. J. Parker ; S. Washietl ; P. Kheradpour ; J. Ernst ; G. Jordan ; E. Mauceli ; L. D. Ward ; C. B. Lowe ; A. K. Holloway ; M. Clamp ; S. Gnerre ; J. Alfoldi ; K. Beal ; J. Chang ; H. Clawson ; J. Cuff ; F. Di Palma ; S. Fitzgerald ; P. Flicek ; M. Guttman ; M. J. Hubisz ; D. B. Jaffe ; I. Jungreis ; W. J. Kent ; D. Kostka ; M. Lara ; A. L. Martins ; T. Massingham ; I. Moltke ; B. J. Raney ; M. D. Rasmussen ; J. Robinson ; A. Stark ; A. J. Vilella ; J. Wen ; X. Xie ; M. C. Zody ; J. Baldwin ; T. Bloom ; C. W. Chin ; D. Heiman ; R. Nicol ; C. Nusbaum ; S. Young ; J. Wilkinson ; K. C. Worley ; C. L. Kovar ; D. M. Muzny ; R. A. Gibbs ; A. Cree ; H. H. Dihn ; G. Fowler ; S. Jhangiani ; V. Joshi ; S. Lee ; L. R. Lewis ; L. V. Nazareth ; G. Okwuonu ; J. Santibanez ; W. C. Warren ; E. R. Mardis ; G. M. Weinstock ; R. K. Wilson ; K. Delehaunty ; D. Dooling ; C. Fronik ; L. Fulton ; B. Fulton ; T. Graves ; P. Minx ; E. Sodergren ; E. Birney ; E. H. Margulies ; J. Herrero ; E. D. Green ; D. Haussler ; A. Siepel ; N. Goldman ; K. S. Pollard ; J. S. Pedersen ; E. S. Lander ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

An evolutionary arms race between KRAB zinc-finger genes ZNF91/93 and SVA/L1 retrotransposons

F. M. Jacobs ; D. Greenberg ; N. Nguyen ; M. Haeussler ; A. D. Ewing ; S. Katzman ; B. Paten ; S. R. Salama ; D. Haussler
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Integrative analysis of 111 reference human epigenomes

A. Kundaje ; W. Meuleman ; J. Ernst ; M. Bilenky ; A. Yen ; A. Heravi-Moussavi ; P. Kheradpour ; Z. Zhang ; J. Wang ; M. J. Ziller ; V. Amin ; J. W. Whitaker ; M. D. Schultz ; L. D. Ward ; A. Sarkar ; G. Quon ; R. S. Sandstrom ; M. L. Eaton ; Y. C. Wu ; A. R. Pfenning ; X. Wang ; M. Claussnitzer ; Y. Liu ; C. Coarfa ; R. A. Harris ; N. Shoresh ; C. B. Epstein ; E. Gjoneska ; D. Leung ; W. Xie ; R. D. Hawkins ; R. Lister ; C. Hong ; P. Gascard ; A. J. Mungall ; R. Moore ; E. Chuah ; A. Tam ; T. K. Canfield ; R. S. Hansen ; R. Kaul ; P. J. Sabo ; M. S. Bansal ; A. Carles ; J. R. Dixon ; K. H. Farh ; S. Feizi ; R. Karlic ; A. R. Kim ; A. Kulkarni ; D. Li ; R. Lowdon ; G. Elliott ; T. R. Mercer ; S. J. Neph ; V. Onuchic ; P. Polak ; N. Rajagopal ; P. Ray ; R. C. Sallari ; K. T. Siebenthall ; N. A. Sinnott-Armstrong ; M. Stevens ; R. E. Thurman ; J. Wu ; B. Zhang ; X. Zhou ; A. E. Beaudet ; L. A. Boyer ; P. L. De Jager ; P. J. Farnham ; S. J. Fisher ; D. Haussler ; S. J. Jones ; W. Li ; M. A. Marra ; M. T. McManus ; S. Sunyaev ; J. A. Thomson ; T. D. Tlsty ; L. H. Tsai ; W. Wang ; R. A. Waterland ; M. Q. Zhang ; L. H. Chadwick ; B. E. Bernstein ; J. F. Costello ; J. R. Ecker ; M. Hirst ; A. Meissner ; A. Milosavljevic ; B. Ren ; J. A. Stamatoyannopoulos ; T. Wang ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

D. P. Locke ; L. W. Hillier ; W. C. Warren ; K. C. Worley ; L. V. Nazareth ; D. M. Muzny ; S. P. Yang ; Z. Wang ; A. T. Chinwalla ; P. Minx ; M. Mitreva ; L. Cook ; K. D. Delehaunty ; C. Fronick ; H. Schmidt ; L. A. Fulton ; R. S. Fulton ; J. O. Nelson ; V. Magrini ; C. Pohl ; T. A. Graves ; C. Markovic ; A. Cree ; H. H. Dinh ; J. Hume ; C. L. Kovar ; G. R. Fowler ; G. Lunter ; S. Meader ; A. Heger ; C. P. Ponting ; T. Marques-Bonet ; C. Alkan ; L. Chen ; Z. Cheng ; J. M. Kidd ; E. E. Eichler ; S. White ; S. Searle ; A. J. Vilella ; Y. Chen ; P. Flicek ; J. Ma ; B. Raney ; B. Suh ; R. Burhans ; J. Herrero ; D. Haussler ; R. Faria ; O. Fernando ; F. Darre ; D. Farre ; E. Gazave ; M. Oliva ; A. Navarro ; R. Roberto ; O. Capozzi ; N. Archidiacono ; G. Della Valle ; S. Purgato ; M. Rocchi ; M. K. Konkel ; J. A. Walker ; B. Ullmer ; M. A. Batzer ; A. F. Smit ; R. Hubley ; C. Casola ; D. R. Schrider ; M. W. Hahn ; V. Quesada ; X. S. Puente ; G. R. Ordonez ; C. Lopez-Otin ; T. Vinar ; B. Brejova ; A. Ratan ; R. S. Harris ; W. Miller ; C. Kosiol ; H. A. Lawson ; V. Taliwal ; A. L. Martins ; A. Siepel ; A. Roychoudhury ; X. Ma ; J. Degenhardt ; C. D. Bustamante ; R. N. Gutenkunst ; T. Mailund ; J. Y. Dutheil ; A. Hobolth ; M. H. Schierup ; O. A. Ryder ; Y. Yoshinaga ; P. J. de Jong ; G. M. Weinstock ; J. Rogers ; E. R. Mardis ; R. A. Gibbs ; R. K. Wilson
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2011

High-resolution comparative analysis of great ape genomes

Kronenberg, Z. N., Fiddes, I. T., Gordon, D., Murali, S., Cantsilieris, S., Meyerson, O. S., Underwood, J. G., Nelson, B. J., Chaisson, M. J. P., Dougherty, M. L., Munson, K. M., Hastie, A. R., Diekhans, M., Hormozdiari, F., Lorusso, N., Hoekzema, K., Qiu, R., Clark, K., Raja, A., Welch, A. E., Sorensen, M., Baker, C., Fulton, R. S., Armstrong, J., Graves-Lindsay, T. A., Denli, A. M., Hoppe, E. R., Hsieh, P., Hill, C. M., Pang, A. W. C., Lee, J., Lam, E. T., Dutcher, S. K., Gage, F. H., Warren, W. C., Shendure, J., Haussler, D., Schneider, V. A., Cao, H., Ventura, M., Wilson, R. K., Paten, B., Pollen, A., Eichler, E. E.
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2018

Hidden Markov Models in Computational Biology

Krogh, A. ; Brown, M. ; Mian, I. ; Sjolander, K. ; Haussler, D.

Amsterdam : Elsevier