Search Results - (Author, Cooperation:A. Mortazavi)

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

F. Yue ; Y. Cheng ; A. Breschi ; J. Vierstra ; W. Wu ; T. Ryba ; R. Sandstrom ; Z. Ma ; C. Davis ; B. D. Pope ; Y. Shen ; D. D. Pervouchine ; S. Djebali ; R. E. Thurman ; R. Kaul ; E. Rynes ; A. Kirilusha ; G. K. Marinov ; B. A. Williams ; D. Trout ; H. Amrhein ; K. Fisher-Aylor ; I. Antoshechkin ; G. DeSalvo ; L. H. See ; M. Fastuca ; J. Drenkow ; C. Zaleski ; A. Dobin ; P. Prieto ; J. Lagarde ; G. Bussotti ; A. Tanzer ; O. Denas ; K. Li ; M. A. Bender ; M. Zhang ; R. Byron ; M. T. Groudine ; D. McCleary ; L. Pham ; Z. Ye ; S. Kuan ; L. Edsall ; Y. C. Wu ; M. D. Rasmussen ; M. S. Bansal ; M. Kellis ; C. A. Keller ; C. S. Morrissey ; T. Mishra ; D. Jain ; N. Dogan ; R. S. Harris ; P. Cayting ; T. Kawli ; A. P. Boyle ; G. Euskirchen ; A. Kundaje ; S. Lin ; Y. Lin ; C. Jansen ; V. S. Malladi ; M. S. Cline ; D. T. Erickson ; V. M. Kirkup ; K. Learned ; C. A. Sloan ; K. R. Rosenbloom ; B. Lacerda de Sousa ; K. Beal ; M. Pignatelli ; P. Flicek ; J. Lian ; T. Kahveci ; D. Lee ; W. J. Kent ; M. Ramalho Santos ; J. Herrero ; C. Notredame ; A. Johnson ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; T. Canfield ; P. J. Sabo ; M. S. Wilken ; T. A. Reh ; E. Giste ; A. Shafer ; T. Kutyavin ; E. Haugen ; D. Dunn ; A. P. Reynolds ; S. Neph ; R. Humbert ; R. S. Hansen ; M. De Bruijn ; L. Selleri ; A. Rudensky ; S. Josefowicz ; R. Samstein ; E. E. Eichler ; S. H. Orkin ; D. Levasseur ; T. Papayannopoulou ; K. H. Chang ; A. Skoultchi ; S. Gosh ; C. Disteche ; P. Treuting ; Y. Wang ; M. J. Weiss ; G. A. Blobel ; X. Cao ; S. Zhong ; T. Wang ; P. J. Good ; R. F. Lowdon ; L. B. Adams ; X. Q. Zhou ; M. J. Pazin ; E. A. Feingold ; B. Wold ; J. Taylor ; A. Mortazavi ; S. M. Weissman ; J. A. Stamatoyannopoulos ; M. P. Snyder ; R. Guigo ; T. R. Gingeras ; D. M. Gilbert ; R. C. Hardison ; M. A. Beer ; B. Ren
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Comparative analysis of the transcriptome across distant species

M. B. Gerstein ; J. Rozowsky ; K. K. Yan ; D. Wang ; C. Cheng ; J. B. Brown ; C. A. Davis ; L. Hillier ; C. Sisu ; J. J. Li ; B. Pei ; A. O. Harmanci ; M. O. Duff ; S. Djebali ; R. P. Alexander ; B. H. Alver ; R. Auerbach ; K. Bell ; P. J. Bickel ; M. E. Boeck ; N. P. Boley ; B. W. Booth ; L. Cherbas ; P. Cherbas ; C. Di ; A. Dobin ; J. Drenkow ; B. Ewing ; G. Fang ; M. Fastuca ; E. A. Feingold ; A. Frankish ; G. Gao ; P. J. Good ; R. Guigo ; A. Hammonds ; J. Harrow ; R. A. Hoskins ; C. Howald ; L. Hu ; H. Huang ; T. J. Hubbard ; C. Huynh ; S. Jha ; D. Kasper ; M. Kato ; T. C. Kaufman ; R. R. Kitchen ; E. Ladewig ; J. Lagarde ; E. Lai ; J. Leng ; Z. Lu ; M. MacCoss ; G. May ; R. McWhirter ; G. Merrihew ; D. M. Miller ; A. Mortazavi ; R. Murad ; B. Oliver ; S. Olson ; P. J. Park ; M. J. Pazin ; N. Perrimon ; D. Pervouchine ; V. Reinke ; A. Reymond ; G. Robinson ; A. Samsonova ; G. I. Saunders ; F. Schlesinger ; A. Sethi ; F. J. Slack ; W. C. Spencer ; M. H. Stoiber ; P. Strasbourger ; A. Tanzer ; O. A. Thompson ; K. H. Wan ; G. Wang ; H. Wang ; K. L. Watkins ; J. Wen ; K. Wen ; C. Xue ; L. Yang ; K. Yip ; C. Zaleski ; Y. Zhang ; H. Zheng ; S. E. Brenner ; B. R. Graveley ; S. E. Celniker ; T. R. Gingeras ; R. Waterston
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Landscape of transcription in human cells

S. Djebali ; C. A. Davis ; A. Merkel ; A. Dobin ; T. Lassmann ; A. Mortazavi ; A. Tanzer ; J. Lagarde ; W. Lin ; F. Schlesinger ; C. Xue ; G. K. Marinov ; J. Khatun ; B. A. Williams ; C. Zaleski ; J. Rozowsky ; M. Roder ; F. Kokocinski ; R. F. Abdelhamid ; T. Alioto ; I. Antoshechkin ; M. T. Baer ; N. S. Bar ; P. Batut ; K. Bell ; I. Bell ; S. Chakrabortty ; X. Chen ; J. Chrast ; J. Curado ; T. Derrien ; J. Drenkow ; E. Dumais ; J. Dumais ; R. Duttagupta ; E. Falconnet ; M. Fastuca ; K. Fejes-Toth ; P. Ferreira ; S. Foissac ; M. J. Fullwood ; H. Gao ; D. Gonzalez ; A. Gordon ; H. Gunawardena ; C. Howald ; S. Jha ; R. Johnson ; P. Kapranov ; B. King ; C. Kingswood ; O. J. Luo ; E. Park ; K. Persaud ; J. B. Preall ; P. Ribeca ; B. Risk ; D. Robyr ; M. Sammeth ; L. Schaffer ; L. H. See ; A. Shahab ; J. Skancke ; A. M. Suzuki ; H. Takahashi ; H. Tilgner ; D. Trout ; N. Walters ; H. Wang ; J. Wrobel ; Y. Yu ; X. Ruan ; Y. Hayashizaki ; J. Harrow ; M. Gerstein ; T. Hubbard ; A. Reymond ; S. E. Antonarakis ; G. Hannon ; M. C. Giddings ; Y. Ruan ; B. Wold ; P. Carninci ; R. Guigo ; T. R. Gingeras
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

SQANTI: extensive characterization of long-read transcript sequences for quality control in full-length transcriptome identification and quantification [METHOD]

Tardaguila, M., de la Fuente, L., Marti, C., Pereira, C., Pardo-Palacios, F. J., del Risco, H., Ferrell, M., Mellado, M., Macchietto, M., Verheggen, K., Edelmann, M., Ezkurdia, I., Vazquez, J., Tress, M., Mortazavi, A., Martens, L., Rodriguez-Navarro, S., Moreno-Manzano, V., Conesa, A.
Cold Spring Harbor Laboratory Press
Published 2018