Search Results - (Author, Cooperation:A. Kundaje)

Extensive variation in chromatin states across humans

M. Kasowski ; S. Kyriazopoulou-Panagiotopoulou ; F. Grubert ; J. B. Zaugg ; A. Kundaje ; Y. Liu ; A. P. Boyle ; Q. C. Zhang ; F. Zakharia ; D. V. Spacek ; J. Li ; D. Xie ; A. Olarerin-George ; L. M. Steinmetz ; J. B. Hogenesch ; M. Kellis ; S. Batzoglou ; M. Snyder
American Association for the Advancement of Science (AAAS)
Published 2013

Comparative analysis of regulatory information and circuits across distant species

A. P. Boyle ; C. L. Araya ; C. Brdlik ; P. Cayting ; C. Cheng ; Y. Cheng ; K. Gardner ; L. W. Hillier ; J. Janette ; L. Jiang ; D. Kasper ; T. Kawli ; P. Kheradpour ; A. Kundaje ; J. J. Li ; L. Ma ; W. Niu ; E. J. Rehm ; J. Rozowsky ; M. Slattery ; R. Spokony ; R. Terrell ; D. Vafeados ; D. Wang ; P. Weisdepp ; Y. C. Wu ; D. Xie ; K. K. Yan ; E. A. Feingold ; P. J. Good ; M. J. Pazin ; H. Huang ; P. J. Bickel ; S. E. Brenner ; V. Reinke ; R. H. Waterston ; M. Gerstein ; K. P. White ; M. Kellis ; M. Snyder
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Comparative analysis of metazoan chromatin organization

J. W. Ho ; Y. L. Jung ; T. Liu ; B. H. Alver ; S. Lee ; K. Ikegami ; K. A. Sohn ; A. Minoda ; M. Y. Tolstorukov ; A. Appert ; S. C. Parker ; T. Gu ; A. Kundaje ; N. C. Riddle ; E. Bishop ; T. A. Egelhofer ; S. S. Hu ; A. A. Alekseyenko ; A. Rechtsteiner ; D. Asker ; J. A. Belsky ; S. K. Bowman ; Q. B. Chen ; R. A. Chen ; D. S. Day ; Y. Dong ; A. C. Dose ; X. Duan ; C. B. Epstein ; S. Ercan ; E. A. Feingold ; F. Ferrari ; J. M. Garrigues ; N. Gehlenborg ; P. J. Good ; P. Haseley ; D. He ; M. Herrmann ; M. M. Hoffman ; T. E. Jeffers ; P. V. Kharchenko ; P. Kolasinska-Zwierz ; C. V. Kotwaliwale ; N. Kumar ; S. A. Langley ; E. N. Larschan ; I. Latorre ; M. W. Libbrecht ; X. Lin ; R. Park ; M. J. Pazin ; H. N. Pham ; A. Plachetka ; B. Qin ; Y. B. Schwartz ; N. Shoresh ; P. Stempor ; A. Vielle ; C. Wang ; C. M. Whittle ; H. Xue ; R. E. Kingston ; J. H. Kim ; B. E. Bernstein ; A. F. Dernburg ; V. Pirrotta ; M. I. Kuroda ; W. S. Noble ; T. D. Tullius ; M. Kellis ; D. M. MacAlpine ; S. Strome ; S. C. Elgin ; X. S. Liu ; J. D. Lieb ; J. Ahringer ; G. H. Karpen ; P. J. Park
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Corrigendum: Regulatory analysis of the C. elegans genome with spatiotemporal resolution

C. L. Araya ; T. Kawli ; A. Kundaje ; L. Jiang ; B. Wu ; D. Vafeados ; R. Terrell ; P. Weissdepp ; L. Gevirtzman ; D. Mace ; W. Niu ; A. P. Boyle ; D. Xie ; L. Ma ; J. I. Murray ; V. Reinke ; R. H. Waterston ; M. Snyder
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Principles of regulatory information conservation between mouse and human

Y. Cheng ; Z. Ma ; B. H. Kim ; W. Wu ; P. Cayting ; A. P. Boyle ; V. Sundaram ; X. Xing ; N. Dogan ; J. Li ; G. Euskirchen ; S. Lin ; Y. Lin ; A. Visel ; T. Kawli ; X. Yang ; D. Patacsil ; C. A. Keller ; B. Giardine ; A. Kundaje ; T. Wang ; L. A. Pennacchio ; Z. Weng ; R. C. Hardison ; M. P. Snyder
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

F. Yue ; Y. Cheng ; A. Breschi ; J. Vierstra ; W. Wu ; T. Ryba ; R. Sandstrom ; Z. Ma ; C. Davis ; B. D. Pope ; Y. Shen ; D. D. Pervouchine ; S. Djebali ; R. E. Thurman ; R. Kaul ; E. Rynes ; A. Kirilusha ; G. K. Marinov ; B. A. Williams ; D. Trout ; H. Amrhein ; K. Fisher-Aylor ; I. Antoshechkin ; G. DeSalvo ; L. H. See ; M. Fastuca ; J. Drenkow ; C. Zaleski ; A. Dobin ; P. Prieto ; J. Lagarde ; G. Bussotti ; A. Tanzer ; O. Denas ; K. Li ; M. A. Bender ; M. Zhang ; R. Byron ; M. T. Groudine ; D. McCleary ; L. Pham ; Z. Ye ; S. Kuan ; L. Edsall ; Y. C. Wu ; M. D. Rasmussen ; M. S. Bansal ; M. Kellis ; C. A. Keller ; C. S. Morrissey ; T. Mishra ; D. Jain ; N. Dogan ; R. S. Harris ; P. Cayting ; T. Kawli ; A. P. Boyle ; G. Euskirchen ; A. Kundaje ; S. Lin ; Y. Lin ; C. Jansen ; V. S. Malladi ; M. S. Cline ; D. T. Erickson ; V. M. Kirkup ; K. Learned ; C. A. Sloan ; K. R. Rosenbloom ; B. Lacerda de Sousa ; K. Beal ; M. Pignatelli ; P. Flicek ; J. Lian ; T. Kahveci ; D. Lee ; W. J. Kent ; M. Ramalho Santos ; J. Herrero ; C. Notredame ; A. Johnson ; S. Vong ; K. Lee ; D. Bates ; F. Neri ; M. Diegel ; T. Canfield ; P. J. Sabo ; M. S. Wilken ; T. A. Reh ; E. Giste ; A. Shafer ; T. Kutyavin ; E. Haugen ; D. Dunn ; A. P. Reynolds ; S. Neph ; R. Humbert ; R. S. Hansen ; M. De Bruijn ; L. Selleri ; A. Rudensky ; S. Josefowicz ; R. Samstein ; E. E. Eichler ; S. H. Orkin ; D. Levasseur ; T. Papayannopoulou ; K. H. Chang ; A. Skoultchi ; S. Gosh ; C. Disteche ; P. Treuting ; Y. Wang ; M. J. Weiss ; G. A. Blobel ; X. Cao ; S. Zhong ; T. Wang ; P. J. Good ; R. F. Lowdon ; L. B. Adams ; X. Q. Zhou ; M. J. Pazin ; E. A. Feingold ; B. Wold ; J. Taylor ; A. Mortazavi ; S. M. Weissman ; J. A. Stamatoyannopoulos ; M. P. Snyder ; R. Guigo ; T. R. Gingeras ; D. M. Gilbert ; R. C. Hardison ; M. A. Beer ; B. Ren
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Conserved epigenomic signals in mice and humans reveal immune basis of Alzheimer's disease

E. Gjoneska ; A. R. Pfenning ; H. Mathys ; G. Quon ; A. Kundaje ; L. H. Tsai ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Regulatory analysis of the C. elegans genome with spatiotemporal resolution

C. L. Araya ; T. Kawli ; A. Kundaje ; L. Jiang ; B. Wu ; D. Vafeados ; R. Terrell ; P. Weissdepp ; L. Gevirtzman ; D. Mace ; W. Niu ; A. P. Boyle ; D. Xie ; L. Ma ; J. I. Murray ; V. Reinke ; R. H. Waterston ; M. Snyder
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2014

Integrative analysis of 111 reference human epigenomes

A. Kundaje ; W. Meuleman ; J. Ernst ; M. Bilenky ; A. Yen ; A. Heravi-Moussavi ; P. Kheradpour ; Z. Zhang ; J. Wang ; M. J. Ziller ; V. Amin ; J. W. Whitaker ; M. D. Schultz ; L. D. Ward ; A. Sarkar ; G. Quon ; R. S. Sandstrom ; M. L. Eaton ; Y. C. Wu ; A. R. Pfenning ; X. Wang ; M. Claussnitzer ; Y. Liu ; C. Coarfa ; R. A. Harris ; N. Shoresh ; C. B. Epstein ; E. Gjoneska ; D. Leung ; W. Xie ; R. D. Hawkins ; R. Lister ; C. Hong ; P. Gascard ; A. J. Mungall ; R. Moore ; E. Chuah ; A. Tam ; T. K. Canfield ; R. S. Hansen ; R. Kaul ; P. J. Sabo ; M. S. Bansal ; A. Carles ; J. R. Dixon ; K. H. Farh ; S. Feizi ; R. Karlic ; A. R. Kim ; A. Kulkarni ; D. Li ; R. Lowdon ; G. Elliott ; T. R. Mercer ; S. J. Neph ; V. Onuchic ; P. Polak ; N. Rajagopal ; P. Ray ; R. C. Sallari ; K. T. Siebenthall ; N. A. Sinnott-Armstrong ; M. Stevens ; R. E. Thurman ; J. Wu ; B. Zhang ; X. Zhou ; A. E. Beaudet ; L. A. Boyer ; P. L. De Jager ; P. J. Farnham ; S. J. Fisher ; D. Haussler ; S. J. Jones ; W. Li ; M. A. Marra ; M. T. McManus ; S. Sunyaev ; J. A. Thomson ; T. D. Tlsty ; L. H. Tsai ; W. Wang ; R. A. Waterland ; M. Q. Zhang ; L. H. Chadwick ; B. E. Bernstein ; J. F. Costello ; J. R. Ecker ; M. Hirst ; A. Meissner ; A. Milosavljevic ; B. Ren ; J. A. Stamatoyannopoulos ; T. Wang ; M. Kellis
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2015

Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data

M. B. Gerstein ; A. Kundaje ; M. Hariharan ; S. G. Landt ; K. K. Yan ; C. Cheng ; X. J. Mu ; E. Khurana ; J. Rozowsky ; R. Alexander ; R. Min ; P. Alves ; A. Abyzov ; N. Addleman ; N. Bhardwaj ; A. P. Boyle ; P. Cayting ; A. Charos ; D. Z. Chen ; Y. Cheng ; D. Clarke ; C. Eastman ; G. Euskirchen ; S. Frietze ; Y. Fu ; J. Gertz ; F. Grubert ; A. Harmanci ; P. Jain ; M. Kasowski ; P. Lacroute ; J. Leng ; J. Lian ; H. Monahan ; H. O'Geen ; Z. Ouyang ; E. C. Partridge ; D. Patacsil ; F. Pauli ; D. Raha ; L. Ramirez ; T. E. Reddy ; B. Reed ; M. Shi ; T. Slifer ; J. Wang ; L. Wu ; X. Yang ; K. Y. Yip ; G. Zilberman-Schapira ; S. Batzoglou ; A. Sidow ; P. J. Farnham ; R. M. Myers ; S. M. Weissman ; M. Snyder
Nature Publishing Group (NPG)
Published 2012

Impact of regulatory variation across human iPSCs and differentiated cells [RESOURCES]

Banovich, N. E., Li, Y. I., Raj, A., Ward, M. C., Greenside, P., Calderon, D., Tung, P. Y., Burnett, J. E., Myrthil, M., Thomas, S. M., Burrows, C. K., Romero, I. G., Pavlovic, B. J., Kundaje, A., Pritchard, J. K., Gilad, Y.
Cold Spring Harbor Laboratory Press
Published 2018